La technique chirurgicale permet d'enlever une partie du muscle du sphincter anal afin d'éliminer les contractions sphinctériennes. Les médicaments cicatrisants permettent aussi de relâcher les muscles du sphincter et d'éviter les contractions douloureuses. Les antalgiques ou analgésiques locaux permettent de diminuer les douleurs et sont souvent associés à des médicaments cicatrisants (pommade de nitroglycérine par exemple). En cas de fissure anale déjà installée, la mise en route d'un traitement adéquat permet de guérir la fissure anale en quelques semaines (généralement en 6 à 8 semaines ). Les maladies inflammatoires chroniques des intestins nécessitent des traitements plus spécifiques auprès d'un gastro-entérologue . Leur présence doit justifier une consultation spécifique et peut nécessiter des traitements anxiolytiques . La chirurgie est souvent proposée en dernière intention , notamment en cas de fissure anale chronique et résistant aux traitements médicamenteux.